Java:
Es necesario un compilador y es interpretado por un "emulador" en el ordenador/computadora.
Es orientado a objetos (uso de objetos y clases).
Regularmente es orientado a aplicaciones de propósito general (escritorio)
Javascript:
Es interpretado por el navegador en sí y no es necesario un compilador; basta con codear hasta en el bloc de notas.
No es orientado a objetos, es más estilo a C.
Regularmente es orientado a aplicaciones web/applets.
PD: La sintáxis de los dos es muy similar.
PD2: No puedo dejarte algún manual o tutorial porque yo aprendí en la universidad, pero he visto por youtube cursos que no son malos y ayudan, al menos, a quitarte de dudas.
PD3: OJO con este comentario de Rafael:
Mi mayor consejo es: aprendan HTML5, CSS3 y Javascript. Mucho Javascript.
Con aprender Javascript te abres puertas a: desarrollo de páginas web, aplicaciones móviles (Android, iOS, Windows Phone, Blackberry, etc), aplicaciones para Windows 8, aplicaciones para Smart TV, etc.
Un saludo.