¿De qué forma has descargado e instalado Ninja IDE? Porque parece que una de las dependencias (Qscintilla) falla a la hora de ejecutar ninja-ide. Si no se soluciona el problema instalando Qscintilla (sudo apt-get install python-qscintilla2), algo mal ha salido en la instalación.
Por otro lado, lo de que falle la conexión a internet inalámbrica tras suspender es algo que a pocos usuarios les ocurre y desconozco por qué sucederá en tu caso. Muchos usuarios que tienen ese mismo problema es porque tienen problemas de compatibilidad de tarjeta de red o por algún fallo de permisos de ejecución tras suspender. En ese caso podrías consultar con la comunidad de Ubuntu o contactar con el soporte para que te ayuden detallando el problema.
Si no puedes solucionar esto último, podrías probar a instalar Ubuntu en una máquina virtual desde Windows (no te lo cargues hasta que no estés seguro de que no lo necesitarás más (Invalid img)).
Perro viejo de Habbo y de HabboStium. Y lo mismo en la vida real, pero sin el "perro".