Para hacer pixel arts, solía utilizar únicamente Paint para absolutamente todo. Pero desde un tiempo para acá, por lo general, principalmente utilizo Easy Paint Tool Sai para hacer un boceto y con la magia de las capas, hago el lineado sobre ese boceto allí mismo. Cuando lo termino, lo paso a Paint para colorearlo porque ciertamente me siento mucho más cómodo al colorearlo allí y finalmente utilizo Photoshop, para quitarle el fondo blanco y en ocasiones para agregarles o hacerlos gif. Si no te molesta, te muestro un ejemplo de esto último, que sería:
https://i.imgur.com/8K1tDln.gifEn cualquier caso, te recomiendo mucho Sai y Paint. Creo que con ese par de programas es suficiente para hacer cualquier cosa en cuanto a pixel art respecta.