No creo tienes que ir tu eliminando el fondo fotograma por fotograma
Sip, sino usas el photoshop o el fireworks para hacer la imagen animada sin fondo, entonces deberás eliminar el fondo, fotograma por fotograma como dice Mola-Habbo
Un programa poco pesado, podría ser Easy Gif animator, hay que pagar para usarlo, pero se puede usar unos días de prueba :juju: